opsd_human

NAME

5DGY

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

opsd_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
                
N-term        
M
N
G
T
E
G
P
N
F
Y
10
                   
                   
V
P
F
S
N
A
T
G
V
V
20
                   
                   
R
S
P
F
E
Y
P
Q
Y
Y
30
                   
    TM1          
L
A
E
P
W
Q
F
S
M
L
40
                   
                   
A
A
Y
M
F
L
L
I
V
L
50
                   
                   
G
F
P
I
N
F
L
T
L
Y
60
                   
          ICL1  
V
T
V
Q
H
K
K
L
R
T
70
                   
TM2              
P
L
N
Y
I
L
L
N
L
A
80
                   
                   
V
A
D
L
F
M
V
L
G
G
90
                   
                   
F
T
S
T
L
Y
T
S
L
H
100
                   
  ECL1 TM3    
G
Y
F
V
F
G
P
T
G
C
110
   
 
              
                   
N
L
E
G
F
F
A
T
L
G
120
                   
                   
G
E
I
A
L
W
S
L
V
V
130
                   
                   
L
A
I
E
R
Y
V
V
V
C
140
                   
  ICL2          
K
P
M
S
N
F
R
F
G
E
150
                   
TM4              
N
H
A
I
M
G
V
A
F
T
160
                   
                   
W
V
M
A
L
A
C
A
A
P
170
                   
        ECL2    
P
L
A
G
W
S
R
Y
I
P
180
                   
                   
E
G
L
Q
C
S
C
G
I
D
190
                   
                   
Y
Y
T
L
K
P
E
V
N
N
200
                   
TM5              
E
S
F
V
I
Y
M
F
V
V
210
                   
                   
H
F
T
I
P
M
I
I
I
F
220
                   
                   
F
C
Y
G
Q
L
V
F
T
V
230
                   
                   
K
E
A
A
A
Q
Q
Q
E
S
240
                   
TM6              
A
T
T
Q
K
A
E
K
E
V
250
           
 
      
                   
T
R
M
V
I
I
M
V
I
A
260
                   
                   
F
L
I
C
W
V
P
Y
A
S
270
                   
                   
V
A
F
Y
I
F
T
H
Q
G
280
 
 
                
ECL3 TM7      
S
N
F
G
P
I
F
M
T
I
290
                   
                   
P
A
F
F
A
K
S
A
A
I
300
                   
                   
Y
N
P
V
I
Y
I
M
M
N
310
                   
H8                
K
Q
F
R
N
C
M
L
T
T
320
                   
    C-term    
I
C
C
G
K
N
P
L
G
D
330
                   
                   
D
E
A
S
A
T
V
S
K
T
340
               
               
E
T
S
Q
V
A
P
A
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(8)        
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MBP              
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MBP              
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lysozyme
 
 
                
N-term        
M
C
G
T
E
G
P
N
F
Y
10
                   
                   
V
P
F
S
N
A
T
G
V
V
20
                   
                   
R
S
P
F
E
Y
P
Q
Y
Y
30
                   
    TM1          
L
A
E
P
W
Q
F
S
M
L
40
                   
                   
A
A
Y
M
F
L
L
I
V
L
50
                   
                   
G
F
P
I
N
F
L
T
L
Y
60
                   
          ICL1  
V
T
V
Q
H
K
K
L
R
T
70
                   
TM2              
P
L
N
Y
I
L
L
N
L
A
80
                   
                   
V
A
D
L
F
M
V
L
G
G
90
                   
                   
F
T
S
T
L
Y
T
S
L
H
100
                   
  ECL1 TM3    
G
Y
F
V
F
G
P
T
G
C
110
   
 
              
                   
N
L
Q
G
F
F
A
T
L
G
120
                   
                   
G
E
I
A
L
W
S
L
V
V
130
                   
                   
L
A
I
E
R
Y
V
V
V
C
140
                   
  ICL2          
K
P
M
S
N
F
R
F
G
E
150
                   
TM4              
N
H
A
I
M
G
V
A
F
T
160
                   
                   
W
V
M
A
L
A
C
A
A
P
170
                   
        ECL2    
P
L
A
G
W
S
R
Y
I
P
180
                   
                   
E
G
L
Q
C
S
C
G
I
D
190
                   
                   
Y
Y
T
L
K
P
E
V
N
N
200
                   
TM5              
E
S
F
V
I
Y
M
F
V
V
210
                   
                   
H
F
T
I
P
M
I
I
I
F
220
                   
                   
F
C
Y
G
Q
L
V
F
T
V
230
                   
                   
K
E
A
A
A
Q
Q
Q
E
S
240
                   
TM6              
A
T
T
Q
K
A
E
K
E
V
250
           
 
      
                   
T
R
M
V
I
I
Y
V
I
A
260
                   
                   
F
L
I
C
W
V
P
Y
A
S
270
                   
                   
V
A
F
Y
I
F
T
H
Q
G
280
 
 
                
ECL3 TM7      
S
C
F
G
P
I
F
M
T
I
290
                   
                   
P
A
F
F
A
K
S
A
A
I
300
                   
                   
Y
N
P
V
I
Y
I
M
M
N
310
                   
H8                
K
Q
F
R
N
C
M
L
T
T
320
                   
    C-term    
I
C
C
G
K
N
P
L
G
D
330
                   
                   
D
E
A
S
A
T
V
S
K
T
340
               
               
E
T
S
Q
V
A
P
A
348
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
AAAGSAGSAGS
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
3A Arrestin

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
 
 
TM6
 
 
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(8)
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MBP
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
MBP
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
T4 Lys
 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
 
 
TM6
 
 
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
C-term
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
AAAGSA
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
3A Arr


DIAGRAMS

ICL1 K K L R ICL1ECL1 Y F V F ECL1ICL2 P M S N F R F ICL2ECL2 W S R Y I P E G L Q C S C G I D Y Y T L K P E V ECL2ICL3 Q E S ICL3ECL3 Q G S N F ECL3N-term M N G T E G P N F Y V P F S N A T G V V R S P F E Y P Q Y Y L A N-termC-term C G K N P L G D D E A S A T V S K T E T S Q V A P A C-term E P W Q F S M L A A Y M F L L I V L G F P I N F L T L Y V T V Q H T P L N Y I L L N L A V A D L F M V L G G F T S T L Y T S L H G G P T G C N L E G F F A T L G G E I A L W S L V V L A I E R Y V V V C K G E N H A I M G V A F T W V M A L A C A A P P L A G N N E S F V I Y M F V V H F T I P M I I I F F C Y G Q L V F T V K E A A A Q Q A T T Q K A E K E V T R M V I I M V I A F L I C W V P Y A S V A F Y I F T H G P I F M T I P A F F A K S A A I Y N P V I Y I M M N K Q M L T F R N C T I C

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
2 |  N C
113 |  E Q
257 |  M Y
282 |  N C

DELETIONS


MODIFICATIONS


AUXILIARY PROTEINS

Protein_type: tag

Name: His(8)
Sequence: None
Deletions:
Positions: N-term_0 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None

Protein_type: fusion

Name: MBP
Sequence: None
Deletions:
Positions: N-term_1 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None

Protein_type: fusion

Name: MBP
Sequence: None
Deletions:
Positions: N-term_2 None:None
Presence in Crystal:NO
Remarks: None

Protein_type: prot_cleavage

Name: PreScission site (3C)
Sequence: None
Deletions:
Positions: N-term_3 None:None
Presence in Crystal:YES
Remarks: None

Protein_type: fusion

Name: T4 Lysozyme (T4L)
Sequence: None
Deletions:
Positions: N-term_4 None:None
Presence in Crystal:YES
Remarks: None

Protein_type: linker

Name: AAAGSAGSAGSAGSA
Sequence: None
Deletions:
Positions: C-term_5 None:None
Presence in Crystal:YES
Remarks: None

Protein_type: fusion

Name: 3A Arrestin
Sequence: None
Deletions:
Positions: C-term_6 None:None
Presence in Crystal:YES
Remarks: None

EXPRESSION

Expression method Host cell type Host cell Remarks
Transient_transfection HEK293S Mammalian NOTE: tetracycline-inducible expression vector

SOLUBILIZATION

Solvent type Item Concentration
additive CHS 0.1 %w/v
detergent DDM 0.5 %w/v

Remarks:

PURIFICATION

Purification type Description
NONE None

Remarks:None

CRYSTALLIZATION

METHOD: in meso/LCP
TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monopalmitolein (9.7 MAG))
PROTEIN CONCENTRATION: 30 mg/ml
Temperature: 20°C
ph : 5.0-5.0

Remarks: Of all the lipids tested, only 9.7 MAG reproducibly facilitated the crystallization of the T4L-rhodopsin-arrestin complex, 9.7 MAG containing 10% (w/w) cholesterol at a 1:1 ratio … since 9.7 MAG had larger aqueous channels compared to 9.9 MAG

Chemical lists

Type Item Concentration
Additional
unknown PEG 400 28 % v/v
unknown Magnesium Acetate 50 mM
Buffer
unknown sodium acetate, pH 5.0 50 mM
Detergent
detergent DDM 0.5 %w/v
Lipid
lipid CHS 0.1 %w/v