5ht2b_human

NAME

5TUD

ORGANISM

Human (Homo sapiens)

PROTEIN NAME

5ht2b_human

SOURCE

SWISSPROT

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
A
L
S
Y
R
V
S
E
L
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
Q
S
T
I
P
E
H
I
L
Q
20
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
T
F
V
H
V
I
S
S
N
30
 
 
 
 
 
          
                   
W
S
G
L
Q
T
E
S
I
P
40
                   
                   
E
E
M
K
Q
I
V
E
E
Q
50
                   
    TM1          
G
N
K
L
H
W
A
A
L
L
60
                   
                   
I
L
M
V
I
I
P
T
I
G
70
                   
                   
G
N
T
L
V
I
L
A
V
S
80
                   
    ICL1 TM2  
L
E
K
K
L
Q
Y
A
T
N
90
                   
                   
Y
F
L
M
S
L
A
V
A
D
100
                   
                   
L
L
V
G
L
F
V
M
P
I
110
                   
                   
A
L
L
T
I
M
F
E
A
M
120
                   
ECL1 TM3      
W
P
L
P
L
V
L
C
P
A
130
                   
                   
W
L
F
L
D
V
L
F
S
T
140
     
 
            
                   
A
S
I
M
H
L
C
A
I
S
150
                   
                   
V
D
R
Y
I
A
I
K
K
P
160
                   
ICL2       TM4
I
Q
A
N
Q
Y
N
S
R
A
170
                   
                   
T
A
F
I
K
I
T
V
V
W
180
                   
                   
L
I
S
I
G
I
A
I
P
V
190
                   
        ECL2    
P
I
K
G
I
E
T
D
V
D
200
                   
                   
N
P
N
N
I
T
C
V
L
T
210
                   
      TM5        
K
E
R
F
G
D
F
M
L
F
220
                   
                   
G
S
L
A
A
F
F
T
P
L
230
                   
                   
A
I
M
I
V
T
Y
F
L
T
240
               
 
 
                   
I
H
A
L
Q
K
K
A
Y
L
250
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
          ICL3  
V
K
N
K
P
P
Q
R
L
T
260
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
W
L
T
V
S
T
V
F
Q
R
270
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
D
E
T
P
C
S
S
P
E
K
280
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
V
A
M
L
D
G
S
R
K
D
290
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
K
A
L
P
N
S
G
D
E
T
300
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
M
R
R
T
S
T
I
G
K
310
 
 
 
              
    TM6          
K
S
V
Q
T
I
S
N
E
Q
320
                   
                   
R
A
S
K
V
L
G
I
V
F
330
                   
                   
F
L
F
L
L
M
W
C
P
F
340
                   
                   
F
I
T
N
I
T
L
V
L
C
350
                   
ECL3 TM7      
D
S
C
N
Q
T
T
L
Q
M
360
                   
                   
L
L
E
I
F
V
W
I
G
Y
370
                   
                   
V
S
S
G
V
N
P
L
V
Y
380
                   
      H8          
T
L
F
N
K
T
F
R
D
A
390
                   
                   
F
G
R
Y
I
T
C
N
Y
R
400
         
 
 
 
 
 
C-term        
A
T
K
S
V
K
T
L
R
K
410
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
S
S
K
I
Y
F
R
N
P
420
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
M
A
E
N
S
K
F
F
K
K
430
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
H
G
I
R
N
G
I
N
P
A
440
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
M
Y
Q
S
P
M
R
L
R
S
450
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
T
I
Q
S
S
S
I
I
L
460
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
L
D
T
L
L
L
T
E
N
E
470
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
G
D
K
T
E
E
Q
V
S
Y
480
 
 
V
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
                  
  N-term      
 
T
E
S
I
P
E
E
M
K
44
                   
                   
Q
I
V
E
E
Q
G
N
K
L
54
                   
TM1              
H
W
A
A
L
L
I
L
M
V
64
                   
                   
I
I
P
T
I
G
G
N
T
L
74
                   
                   
V
I
L
A
V
S
L
E
K
K
84
                   
ICL1 TM2      
L
Q
Y
A
T
N
Y
F
L
M
94
                   
                   
S
L
A
V
A
D
L
L
V
G
104
                   
                   
L
F
V
M
P
I
A
L
L
T
114
                   
      ECL1      
I
M
F
E
A
M
W
P
L
P
124
                   
TM3              
L
V
L
C
P
A
W
L
F
L
134
                 
 
                   
D
V
L
F
S
T
A
S
I
W
144
                   
                   
H
L
C
A
I
S
V
D
R
Y
154
                   
          ICL2  
I
A
I
K
K
P
I
Q
A
N
164
                   
      TM4        
Q
Y
N
S
R
A
T
A
F
I
174
                   
                   
K
I
T
V
V
W
L
I
S
I
184
                   
                   
G
I
A
I
P
V
P
I
K
G
194
                   
ECL2            
I
E
T
D
V
D
N
P
N
N
204
                   
                   
I
T
C
V
L
T
K
E
R
F
214
                   
TM5              
G
D
F
M
L
F
G
S
L
A
224
                   
                   
A
F
F
T
P
L
A
I
M
I
234
                   
                   
V
T
Y
F
L
T
I
H
A
L
244
       
 
         
Q
K
K
A
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (b562R
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
               
TM6          
Q
T
I
S
N
E
Q
R
321
                   
                   
A
S
K
V
L
G
I
V
F
F
331
                   
                   
L
F
L
L
M
W
C
P
F
F
341
                   
                   
I
T
N
I
T
L
V
L
C
D
351
                   
ECL3 TM7      
S
C
N
Q
T
T
L
Q
M
L
361
                   
                   
L
E
I
F
V
W
I
G
Y
V
371
                   
                   
S
S
G
V
N
P
L
V
Y
T
381
                   
    H8            
L
F
N
K
T
F
R
D
A
F
391
                   
        C-term
G
R
Y
I
T
C
N
Y
R
A
401
       
 
         
T
K
S
V
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10)      

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
 
 
 
TM5
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
ICL3
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
 
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
 
TM5 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
BRIL (
 
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
H8
 
 
C-term 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
His(10


DIAGRAMS

ICL1 K K L Q ICL1ECL1 E A M W P L ECL1ICL2 P I Q A N Q Y N ICL2ECL2 I E T D V D N P N N I T C V L T K E R ECL2ICL3 P Q R L T W L T V S T V F Q R D E T P C S S P E K V A M L D G S R K D K A L P N S G D E T L M R R T S T I G K K S ICL3ECL3 D S C ECL3N-term M A L S Y R V S E L Q S T I P E H I L Q S T F V H V I S S N W S G L Q T E S I P E E M K Q I V E E Q G N N-termC-term T C N Y R A T K S V K T L R K R S S K I Y F R N P M A E N S K F F K K H G I R N G I N P A M Y Q S P M R L R S S T I Q S S S I I L L D T L L L T E N E G D K T E E Q V S Y V C-term K L H W A A L L I L M V I I P T I G G N T L V I L A V S L E Y A T N Y F L M S L A V A D L L V G L F V M P I A L L T I M F P L V L C P A W L F L D V L F S T A S I M H L C A I S V D R Y I A I K K S R A T A F I K I T V V W L I S I G I A I P V P I K G F G D F M L F G S L A A F F T P L A I M I V T Y F L T I H A L Q K K A Y L V K N K P V Q T I S N E Q R A S K V L G I V F F L F L L M W C P F F I T N I T L V L C N Q T T L Q M L L E I F V W I G Y V S S G V N P L V Y T L F N K T F G R F R D A Y I

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated
144 |  M W

DELETIONS

  • from 1 to 35
  • from 249 to 313
  • from 406 to 481

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: fusion

    Name: BRIL (b562RIL)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: Within Receptor_2 249:313
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_3 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: His(10)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: C-term_4 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf21 Insect Bac-to-Bac

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 1.0 %w/v
    additive CHS 0.2 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Proteolysis by HRV 3C protease None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: in meso/LCP
    TYPE: lipidic cubic phase (LCP) (monopalmitolein (9.7 MAG))
    PROTEIN CONCENTRATION: 40.0 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 7.7-7.7

    Remarks: 5-HT2B/ERG-Fab complex formation was achieved by mixing 5-HT2B/ERG (2-5 mg/mL) with Fab (5–10 mg/mL) in 1:1.2 mol ratio at 4 °C for 2 h

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Detergent
    DDM 0.05 %w/v
    Detergent additive
    CHS 0.01 %w/v
    Additional
    Tris/HCl pH 7.7 0.1 M
    sodium/potassium tartrate 60.0 mM
    PEG 400 25.0 %v/v
    Glycerol 10.0 %v/v