g1sgd4_rabit

NAME

5VAI

ORGANISM

Rabbit (Oryctolagus cuniculus)

PROTEIN NAME

g1sgd4_rabit

SOURCE

TREMBL

SEQUENCE

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
N-term        
M
A
G
A
P
S
P
L
R
L
10
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
A
L
L
L
L
G
A
V
G
R
20
 
 
 
              
                   
A
G
P
R
P
Q
G
A
T
V
30
                   
                   
S
L
S
E
T
V
Q
K
W
R
40
                   
                   
E
Y
R
R
Q
C
Q
H
F
L
50
                   
                   
T
E
A
P
P
L
A
T
G
L
60
                   
                   
F
C
N
R
T
F
D
D
Y
A
70
                   
                   
C
W
P
D
G
A
P
G
S
F
80
                   
                   
V
N
V
S
C
P
W
Y
L
P
90
                   
                   
W
A
S
N
V
L
Q
G
H
V
100
                   
                   
Y
R
F
C
T
T
E
G
H
W
110
                   
                   
L
H
K
D
N
S
S
L
P
W
120
                   
                   
R
D
L
S
E
C
E
E
S
R
130
                   
            TM1  
R
G
E
K
S
S
P
E
E
Q
140
                   
                   
L
L
S
L
Y
I
I
Y
T
V
150
                   
                   
G
Y
A
L
S
F
S
A
L
V
160
                   
                   
I
A
S
A
I
L
L
G
F
R
170
                   
ICL1 TM2      
H
L
H
C
T
R
N
Y
I
H
180
                   
                   
L
N
L
F
A
S
F
I
L
R
190
                   
                   
A
L
S
V
F
I
K
D
A
A
200
                   
                   
L
K
W
M
Y
S
T
A
A
Q
210
                   
  ECL1          
Q
H
Q
W
D
G
L
L
S
Y
220
                   
      TM3        
Q
D
S
L
G
C
R
L
V
F
230
                   
                   
L
L
M
Q
Y
C
V
A
A
N
240
                   
                   
Y
Y
W
L
L
V
E
G
A
Y
250
                   
                   
L
Y
T
L
L
A
F
A
V
F
260
                   
TM4              
S
E
Q
R
I
F
K
L
Y
L
270
                   
                   
S
I
G
W
G
V
P
L
L
F
280
                   
                   
V
I
P
W
G
I
V
K
Y
L
290
                   
    ECL2        
Y
E
D
E
G
C
W
T
R
N
300
                   
  TM5            
S
N
M
N
Y
W
L
I
I
R
310
                   
                   
L
P
I
L
F
A
I
G
V
N
320
                   
                   
F
L
I
F
I
R
V
I
C
I
330
                   
                   
V
V
S
K
L
K
A
N
L
M
340
                   
ICL3   TM6    
C
K
T
D
I
K
C
R
L
A
350
                   
                   
K
S
T
L
T
L
I
P
L
L
360
                   
                   
G
T
H
E
V
I
F
A
F
V
370
                   
ECL3            
M
D
E
H
A
R
G
T
L
R
380
                   
TM7              
F
V
K
L
F
T
E
L
S
F
390
                   
                   
T
S
F
Q
G
L
M
V
A
I
400
                   
          H8      
L
Y
C
F
V
N
N
E
V
Q
410
                   
                   
M
E
F
R
K
S
W
E
R
W
420
   
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
R
L
E
H
L
R
V
Q
R
D
430
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
  C-term      
S
S
M
K
P
L
K
C
P
T
440
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
S
L
S
S
G
A
T
G
G
450
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
                   
S
S
V
Y
A
A
T
S
Q
A
460
 
 
   
C
S
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagglutin
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GGGS            
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreScission
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GGGS            
 
                  
  N-term      
 
R
P
Q
G
A
T
V
S
L
32
                   
                   
S
E
T
V
Q
K
W
R
E
Y
42
                   
                   
R
R
Q
C
Q
H
F
L
T
E
52
                   
                   
A
P
P
L
A
T
G
L
F
C
62
                   
                   
N
R
T
F
D
D
Y
A
C
W
72
                   
                   
P
D
G
A
P
G
S
F
V
N
82
                   
                   
V
S
C
P
W
Y
L
P
W
A
92
                   
                   
S
N
V
L
Q
G
H
V
Y
R
102
                   
                   
F
C
T
T
E
G
H
W
L
H
112
                   
                   
K
D
N
S
S
L
P
W
R
D
122
                   
                   
L
S
E
C
E
E
S
R
R
G
132
                   
        TM1      
E
K
S
S
P
E
E
Q
L
L
142
                   
                   
S
L
Y
I
I
Y
T
V
G
Y
152
                   
                   
A
L
S
F
S
A
L
V
I
A
162
                   
                   
S
A
I
L
L
G
F
R
H
L
172
                   
ICL1 TM2      
H
C
T
R
N
Y
I
H
L
N
182
                   
                   
L
F
A
S
F
I
L
R
A
L
192
                   
                   
S
V
F
I
K
D
A
A
L
K
202
                   
                   
W
M
Y
S
T
A
A
Q
Q
H
212
                   
ECL1            
Q
W
D
G
L
L
S
Y
Q
D
222
                   
  TM3            
S
L
G
C
R
L
V
F
L
L
232
                   
                   
M
Q
Y
C
V
A
A
N
Y
Y
242
                   
                   
W
L
L
V
E
G
A
Y
L
Y
252
                   
          ICL2  
T
L
L
A
F
A
V
F
S
E
262
                   
TM4              
Q
R
I
F
K
L
Y
L
S
I
272
                   
                   
G
W
G
V
P
L
L
F
V
I
282
                   
                   
P
W
G
I
V
K
Y
L
Y
E
292
                   
ECL2            
D
E
G
C
W
T
R
N
S
N
302
                   
TM5              
M
N
Y
W
L
I
I
R
L
P
312
                   
                   
I
L
F
A
I
G
V
N
F
L
322
                   
                   
I
F
I
R
V
I
C
I
V
V
332
                   
          ICL3  
S
K
L
K
A
N
L
M
C
K
342
                   
      TM6        
T
D
I
K
C
R
L
A
K
S
352
                   
                   
T
L
T
L
I
P
L
L
G
T
362
                   
                   
H
E
V
I
F
A
F
V
M
D
372
                   
ECL3     TM7  
E
H
A
R
G
T
L
R
F
V
382
                   
                   
K
L
F
T
E
L
S
F
T
S
392
                   
                   
F
Q
G
L
M
V
A
I
L
Y
402
                   
      H8          
C
F
V
N
N
E
V
Q
M
E
412
                   
 
                     
F
R
K
S
W
E
R
W
R
L
 
422

SCHEMATIC

Perspective: Wild-type Construct

 
 
 
 
 
N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
 
 
 
 
 
 
 
H8
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
C-term

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
hemagg
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
FLAG
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GGGS
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
PreSci
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
GGGS
 
 
 N-term
 
TM1
 
ICL1
 
TM2
 
ECL1
 
TM3
 
ICL2
 
TM4
 
ECL2
 
TM5
 
ICL3
 
TM6
 
ECL3
 
TM7
 
 
H8 


DIAGRAMS

ICL1 R H L H ICL1ECL1 H Q W D G L L S Y Q D S ECL1ICL2 A V F ICL2ECL2 D E G C W T R N S ECL2ICL3 N L M C K T D I ICL3ECL3 V M D E H A R G T ECL3N-term M A G A P S P L R L A L L L L G A V G R A G P R P Q G A T V S L S E T V Q K W R E Y R R Q C Q H F L T E A P P L A T G L F C N R T F D D Y A C W P D G A P G S F V N V S C P W Y L P W A S N V L Q G H V Y R F C T T E G H W L H K D N S S L P W R D L S E C E E S R R G E K S S N-termC-term S M K P L K C P T S S L S S G A T G G S S V Y A A T S Q A C S C-term P E E Q L L S L Y I I Y T V G Y A L S F S A L V I A S A I L L G F C T R N Y I H L N L F A S F I L R A L S V F I K D A A L K W M Y S T A A Q Q L G C R L V F L L M Q Y C V A A N Y Y W L L V E G A Y L Y T L L A F S E Q R I F K L Y L S I G W G V P L L F V I P W G I V K Y L Y E N M N Y W L I I R L P I L F A I G V N F L I F I R V I C I V V S K L K A K C R L A K S T L T L I P L L G T H E V I F A F L R F V K L F T E L S F T S F Q G L M V A I L Y C F V N N E F R K W R L V Q R V Q M E S W E R E H L R D S

MUTATIONS

Position Wild-type Mutated

DELETIONS

  • from 1 to 23
  • from 423 to 462

    • MODIFICATIONS


    AUXILIARY PROTEINS

    Protein_type: signal

    Name: hemagglutinin
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_0 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: tag

    Name: FLAG
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_1 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: GGGS
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_3 None:None
    Presence in Crystal:
    Remarks: None

    Protein_type: prot_cleavage

    Name: PreScission site (3C)
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_4 None:None
    Presence in Crystal:YES
    Remarks: None

    Protein_type: linker

    Name: GGGS
    Sequence: None
    Deletions:
    Positions: N-term_5 None:None
    Presence in Crystal:
    Remarks: None

    EXPRESSION

    Expression method Host cell type Host cell Remarks
    Baculovirus Sf9 Insect Bac-to-Bac Baculovirus, pFastBac1

    SOLUBILIZATION

    Solvent type Item Concentration
    detergent DDM 1.0 %w/v
    additive CHS 0.2 %w/v
    additive CHAPS 0.5 %w/v

    Remarks:

    PURIFICATION

    Purification type Description
    Proteolysis by HRV 3C protease None
    Deglycosylation by PNGase F None

    Remarks:None

    CRYSTALLIZATION

    METHOD: Cryo-EM
    TYPE: FEI, glow-discharged holey carbon grids ()
    PROTEIN CONCENTRATION: 1.0 mg/ml
    Temperature: 20°C
    ph : 7.5-7.5

    Remarks: Peptide activated GLP1 structure in complex with Gs and nanobody Nb35

    Chemical lists

    Type Item Concentration
    Detergent
    detergent LMNG 0.01 % w/v
    Lipid
    lipid Cholesterol 0.0012 %w/v
    Additional
    HEPES, pH 7.5 30 mM
    NaCl 150.0 mM
    TCEP 100.0 uM
    GDN 0.01 %
    POPG 0.00192 %